En cuanto al ambiente geográfico y natural, según las descripciones de la época inicial, la extensa región estaba cubierta por gramíneas, altos pajonales e inmensos cardales, con una ausencia casi total de árboles que mucho impresionó a ilustres viajeros.
Cruzada por ríos y arroyos, en sus orillas aparecían como islotes verdes, las pocas plantas de talas, algarrobos o ceibos que interrumpían la monotonía del paisaje, que en muchos casos dieron su nombre a algunos parajes. Eran los únicos elementos de protección de los animales salvajes que vagaban por el lugar, especies en su mayoría hoy extinguidas.
Para el sabio Darwin, uno de los viajeros que se ocupó de dejar descripciones de los lugares visitados, constituía un misterio la razón por la cual esta región con un clima y suelo tan particular, estuviera tan desprovista de árboles.
Millones de años atrás, este suelo fue escenario de la presencia de megaterios, toxodontes y gliptodontes. En distintos lugares del Partido y en especial en sus barrancas de suelo con alto contenido calcáreo, se han encontrado restos de estos fósiles.
En 1998, se formó el Grupo Conservacionista que ha trabajado en la búsqueda, investigación y conservación de restos fósiles, llegando a la conformación del Museo Palentológico Fray Manuel de Torres, ubicado en un antiguo caserón de 1895, cedido por la Municipalidad de San Pedro, situado precisamente frente al Palacio Municipal.
El célebre viajero inglés Robertson y pocos años después el distinguido naturalista y viajero francés Alcides de Orbigny, describieron aquellas pampas de la época virreinal:
“…cardos más altos que un caballo con jinete: aquí y allí pocos trozos de algarrobo: pasto alto, innumerables ganados alzados y mansos: gamas y avestruces retozando en la llanura; vizcachas barbadas saliendo en grupos al caer el sol de las mil cuevas que cortan el campo…Las zumbantes perdices volando de entre las patas de mi caballo y luego el caparazonado armadillo apartándose a prisa del camino”.
Estas crónicas son una buena descripción del paisaje de la época, cuando la vista no tenía más límite que el ofrecido por el horizonte o la interrupción provocada por algún árbol solitario a la vera del camino o de los ríos.
Antes de la multiplicación prodigiosa de la hacienda cimarrona, existía una fauna autóctona cuyos ejemplares emigraron a zonas más seguras ante el embate de los nuevos pobladores, mientras otros se adaptaron a su presencia y trataron de sobrevivir a pesar de ser combatidos.
Podemos mencionar al ñandú, la mulita y la vizcacha, comadrejas overas y coloradas, zorrinos y zorros, casi desaparecidos por completo salvo algunos ejemplares que suelen verse en los campos de mayor extensión, próximos al río Arrecifes o al Arroyo del Tala.
Más propios de la zona ribereña y las islas, son el carpincho y la nutria criolla, ambos muy perseguidos por los cazadores que las han explotado incontroladamente para obtener sus cueros y apreciadas pieles.
Las noticias de épocas lejanas, documentan la presencia en estos lugares de pumas y tigres que en su momento fueron muy numerosos. En las construcciones rurales que datan de fines del siglo XIX los patios se enrejaban en previsión de la acechanza de estos animales salvajes, tal como es dable aún observar en algunas estancias antiguas de la costa del Río Arrecifes, en el paraje La Estrella.
Aves de diversos tamaños y variedades poblaban el territorio, con especial relevancia de pájaros de coloridos plumajes, cuyo canto aún por nuestros días alegran el ambiente campestre y el más natural de las verdes islas del Paraná.
El sabio Darwin recorrió el territorio del actual San Pedro; escribió acerca de sus características que eran “……tan fértiles como la naturaleza podría hacerlas” y “….no ofrecía dificultades de piedras o bosques para ararlas” y “……donde el clima era de los más saludable”.