La población por su terreno llano y ubicación frente al Río Paraná, estaba expuesta al ataque de los indígenas y quizás de piratas. Para salvarse de esos eventuales agresores debieron construirse túneles, por demás frecuentes en épocas y zonas conventuales, razón por la cual – como en Buenos Aires y Córdoba – en San Pedro existen ramales de túneles subterráneos.
A partir de 1822 se desarrollaron una serie de reformas impulsadas por Bernardino Rivadavia que en San Pedro culminaron en el aspecto religioso con la supresión del Convento Franciscano.
La existencia de los túneles quedó flotando hasta caer casi en el olvido. Sin embargo, el hundimiento de sus bóvedas descubiertas en el casco histórico de la Ciudad – inmediato al solar que ocupara el antiguo Convento – conectó a los estudiosos con testimonios del pasado, mereciendo la atención e investigación del Centro de Estudios Históricos de San Pedro.